Hay preguntas que son tan evidentes, que cuesta encontrar respuesta... esta pregunta aunque suene raro me la han hecho unas cuantas veces...

Los ficheros de configuración que se encuentran por norma, en /etc/, Debian no los sobreescribe; dependiendo de nuestra configuración nos preguntará que desamos hacer, si instalar la version nueva, o mantener el actual... podemos ver un diff de las dos versiones.

En caso de que el fichero de configuración no sea compatible con la version nueva del programa, se nos notificará, guardará una copia del antiguo y nos dejará poner el nuevo.

Existen muchos programas que tienen algunos ficheros de configuración que pos su complejidad, se ha decidido agregar uno con un include, que sea algo así como /etc/programa/conf.local. Siempre que veamos esto es conveniente sobreescribir los parametros de configuracion en el local, ya que esto nos facilitará mucho la vida en futuras actualizaciones, ademas de que es mucho mas limpio, y si lo que deseamos es manejar ese fichero desde un script que nos hagamos nos va a ser mucho mas facil.